Reference : 1. Huang, S.-Y.; Zou, X. J Comput Chem 2006, 27, 1866. 2. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res 2000, 28, 235. 3. Wang, R.; Lu, Y.; Wang, S. J Med Chem 2003, 46, 2287. 4. Zhang, C.; Liu, S.; Zhu, Q.; Zhou, Y. J Med Chem 2005, 48, 2325. 5. Velec, H. F. G.; Gohlke, H.; Klebe, G. J Med Chem 2005, 48, 6296. 6. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J Comput Chem 1998, 19, 1639. 7. Muegge, I.; Martin, Y. C. J Med Chem 1999, 42, 791. 8. Jasobsson, M.; Lidén, P.; Stjernschantz, E.; Boström, H.; Norinder, U. J Med Chem 2003, 46, 5781. 9. Brzozowski, A. M.; Pike, A. C.; Dauter, Z.; Hubbard, R. E.; Bonn, T.; Engstrom, O.; Ohman, L.; Greene, G. L.; Gustafsson, J. A.; Carlquist, M. Nature 1997, 389, 753. 10. Sippl, W. J Comput Aided Mol Des 2000, 14, 559. 11. Shi, L. M.; Fang, H.; Tong, W.; Wu, J.; Perkins, R.; Blair, R. M.; Branham, W. S.; Dial, S. L.; Moland, C. I.; Sheehan, D. M. J Chem Inf Comput Sci 2001, 41, 186. 12. Natchus, M. G.; Bookland, R. G.; Laufersweiler, M. J.; Pikul, S.; Almstead, N. G.; De, B.; Janusz, M. J.; Hsich, L. C.; Gu, F.; Pokross, M. E.; Patel, V. S.; Garver, S. M.; Peng, S. X.; Branch, T. M.; King, S. L.; Baker, T. R.; Foltz, D. J.; Mieling, G. E. J Med Chem 2001, 44, 1060. 13. Ha, S.; Andreani, R.; Robbins, A.; Muegge, I. J Comput Aided Mol Des 2000, 14, 435. 14. Nar, H.; Bauer, M.; Schmid, A.; Stassen, J. M.; Wienen, W.; Priepke, H. W. M.; Kauffman, I. K.; Ries, U. J.; Hauel, N. H. Structure (Cambr) 2001, 9, 29. 15. Matter, H.; Defossa, E.; Heinelt, U.; Blohm, P. M.; Schneider, D.; Muller, A.; Herok, S.; Schreuder, H.; Liesum, A.; Brachvogel, V.; Lonze, P.; Walser, A.; Al-Obeidi, F.; Wildgoose, P. J Med Chem 2002, 45, 2749. 16. Kryger, G.; Silman, I.; Sussman, J. L. Struct Fold Des 1999, 7, 297. 17. Contreras, J. M.; Parrot, I.; Sippl, W.; Rival, Y. M.; Wermuth, C. G. J Med Chem 2001, 44, 2707. 18. Verdonk, M. L.; Berdini, V.; Hartshorn, M. J.; Mooij,W. T. M.;Murray, C. W.; Taylor, R. D.; Watson, P. J Chem Inf Comput Sci 2004, 44, 793. 19. Walters, P.; Stahl, M. BABEL, version 1.6 Copyright (C) 1992–1996, University of Arizona. 20. OMEGA; version 1.0b6, OpenEye Scientific Software, Inc.: Santa Fe, NM, USA, 2001; www.eyesopen.com. 21. Ewing, T. J. A.; Makino, S.; Skillman, A. G.; Kuntz, I. D. J Comput Aided Mol Des 2001, 15, 411. 22. Meng, E. C.; Shoichet, B. K.; Kuntz, I. D. J Comput Chem 1992, 13, 505. 23. Böhm, H. J. J Comput Aided Mol Des 1994, 8, 243. 24. Böhm, H. J. J Comput Aided Mol Des 1998, 12, 309. 25. Gehlhaar, D. K.; Verkhivker, G. M.; Rejto, P. A.; Sherman, C. J.; Fogel, D. B.; Freer, S. T. Chem Biol 1995, 2, 317. 26. Gehlhaar, D. K.; Bouzida, D.; Rejto, P. A. In Rational Drug Design: Novel Methodology and Practical Applications; Parrill, L.; Reddy, M. R., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 1999; pp. 292–311. 27. Rarey, M.; Kramer, B.; Lengauer, T.; Klebe, G. J Mol Biol 1996, 261, 470. 28. Eldridge, M. D.; Murray, C.W.; Auton, T. R.; Paolini, G. V.; Mee, R. P. J Comput Aided Mol Des 1997, 11, 425. 29. Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C.; Leach, A. R.; Talor, R. J Mol Biol 1997, 267, 727. 30. Gohlke, H.; Hendlich, M.; Klebe, G. J Mol Biol 2000, 295, 337. 31. Wang, R.; Lai, L.; Wang, S. J Comput Aided Mol Des 2002, 16, 11. 32. SYBYL, version 6.9; Tripos Inc.; www.tripos.com. 33. Cerius2, version 4.6; Accelrys Inc.; www.accelrys.com. 34. Lamb, M. L.; Burdick, K.W.; Toba, S.; Young, M. M.; Skillman, K. G.; Zou, X. Q.; Arnold, J. R.; Kuntz, I. D. Proteins 2001, 42, 296. 35. Wang, J.; Kang, X.; Kuntz, I. D.; Kollman, P. A. JMed Chem 2005, 48, 2432. 36. Bissantz, C.; Folkers, G.; Rognan, D. J Med Chem 2000, 43, 4759. 37. Kroemer, R. T.; Vulpetti, A.; McDonald, J. J.; Rohrer, D. C.; Trosset, J.-Y.; Giordanetto, F.; Cotesta, S.; McMartin, C.; Kihlén, M.; Stouten, P. F. W. J Chem Inf Comput Sci 2004, 44, 871. 38. Press, W. H. Teukolsky, S. A. Vetterling, W. T. Flannery, B. P. Numerical Recipes in Fortran 77: The Art of Scientific Computing, 2nd ed.; Cambridge University Press: New York, 1992. 39. Gohlke, H.; Hendlich, M.; Klebe, G. Perspect Drug Discov Des 2000, 20, 115. 40. Nobeli, I.; Mitchell, J. B. O.; Alex, A.; Thornton, J. M. J Comput Chem 2001, 22, 673. 41. Ishchenko, A. V.; Shakhnovich, E. I. J Med Chem 2002, 45, 2770. 42. Stahl, M.; Rarey, M. J Med Chem 2001, 44, 1035. 43. Abagyan, R.; Totrov, M. ICM online manual; www.molsoft.com. 44. Allen, F. H. Acta Crystallogr B 2002, 58, 380. 45. Muegge, I. J Med Chem 2005, http://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/ jmcmar/asap/abs/jm050038s. 46. Charifson, P. S.; Corkery, J. J.; Murcko, M. A.; Walters, W. P. J Med Chem 1999, 42, 5100. 47. Wu, G.; Vieth, M. J Med Chem 2004, 47, 3142.
less